Przedsiębiorcy mający grunty przejęte w części pod infrastrukturę kolejową nie skorzystają ze zwolnienia z podatku od nieruchomości od całości, lecz tylko od części zajętych pod tę infrastrukturę. Ani fakt powstania obowiązku podatkowego w drugim umawiającym się państwie będącym stroną umowy, ani kwestia faktycznej zapłaty podatku przez polskiego podatnika w tym państwie nie warunkują możliwości zastosowania umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania. Tak orzekł Naczelny Sąd Administracyjny.
8 grudnia ub. r. NSA w składzie siedmiu sędziów rozpatrywał zagadnienie dotyczące zwolnienia z podatku od nieruchomości gruntów należących do przedsiębiorcy, przeznaczonych na infrastrukturę kolejową. Sprawa dotyczyła laboratorium kosmetycznego, które ma część działki zajętą pod taką infrastrukturę i twierdziło, że ma prawo do zwolnienia z podatku od nieruchomości od całej powierzchni tej działki. Przedsiębiorca ma służebność nieodpłatną, nie ma z tego tytułu korzyści. Organy skarbowe i WSA odmówiły przedsiębiorcy zwolnienia z podatku od całej powierzchni działki. Trzyosobowy skład NSA rozpatrujący skargę kasacyjną postanowieniem NSA z dnia 2 września 2025 r. (III FSK 1020/23) skierował do rozstrzygnięcia w poszerzonym składzie pytanie, czy zakresem zwolnienia objęty jest cały obszar gruntów, czy też ich część, która została faktycznie zajęta pod infrastrukturę kolejową.
Zmiana na niekorzyść podatników
Naczelny Sąd Administracyjny podjął uchwałę, że sformułowanie zawarte w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy z dnia
12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych
(t.j. Dz.U. z 2017 r. poz. 1785 ze zm.), zgodnie z którym „zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która: jest udostępniana przewoźnikom kolejowym”, jest w stanie prawnym obowiązującym w latach 2017–2021 podstawą objęcia zakresem tego zwolnienia jedynie tych części gruntu, które zostały zajęte pod budynki, budowle tworzące infrastrukturę kolejową, usytuowane na obszarze kolejowym (III FPS 3/25).
Naczelny Sąd Administracyjny wskazał na trzy główne argumenty, który zaważyły o treści uchwały: istota ulgi przyznanej na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy o podatkach i opłatach lokalnych, zakreślone w ustawie rozumienie przedmiotu opodatkowania podatkiem od nieruchomości i wynikający z art. 107 ust. 1 Traktatu o funkcjonowaniu UE zakaz udzielania pomocy publicznej w sposób zakłócający konkurencyjność.
Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, że przedmiotem opodatkowania są grunty, a nie działki ewidencyjne, w konsekwencji za wątpliwe uznać należy przełamywanie tego imperatywu przepisem zawartym w ustawie niepodatkowej, a zwłaszcza w załączniku do tej ustawy, który w istocie służy wyjaśnieniu pewnych pojęć na cele definicji zawartych w ustawie o transporcie kolejowym. Przeciwny pogląd prowadzić może do wniosku, że dla celów stosowania ulgi zwolnienia podatkowego przedmiotem opodatkowania jest działka ewidencyjna gruntu, a nie grunt, mimo że nie wynika to ani z treści art. 2 ust. 1 pkt 1 ustawy podatkowej, ani z samego art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a tej ustawy.
Zdaniem NSA skoro przedmiotem opodatkowania w rozumieniu wskazanego przepisu jest grunt, to jego powierzchnia winna wyznaczać zarówno podstawę opodatkowania, jak też wyłączenia i zwolnienia w takim zakresie, w jakim grunt ten jest faktycznie związany, zajęty, udostępniany, wykorzystany na prowadzenie preferowanej przez ustawodawcę działalności gospodarczej. NSA stwierdził, że do podobnych wniosków prowadzi też analiza art. 107 ust. 1 Traktatu o funkcjonowaniu UE, zgodnie z którym wszelka pomoc przyznawana przez państwo członkowskie w jakiejkolwiek formie, która zakłóca lub grozi zakłóceniem konkurencyjności poprzez sprzyjanie niektórym przedsiębiorcom, jest niezgodna z rynkiem wewnętrznym w zakresie, w jakim wpływa na wymianę handlową pomiędzy państwami członkowskimi. Sąd wskazał na wyrok TSUE z 29 kwietnia 2025 r. w sprawie C 453/23. Trybunał w tym orzeczeniu przesądził wprawdzie o zgodności co do zasady przewidzianej w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ulgi podatkowej z art. 107 ust. 1 Traktatu o funkcjonowaniu UE. Jednak posłużenie się w tym orzeczeniu zwrotem „nie wydaje się by przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki lub budowle, stanowiły środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści” naprowadza na wniosek, że trybunał uwzględnia możliwość zaistnienia sytuacji, w których taka selektywna korzyść jednak wystąpi. NSA podkreślił, że TSUE w tym orzeczeniu stwierdził, iż to do sądu orzekającego należy zbadanie, czy art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy podatkowej, zwalniający z podatku grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, może oznaczać selektywną pomoc publiczną przedsiębiorcom korzystającym z tego zwolnienia w rozumieniu art. 107 ust. 1 Traktatu o funkcjonowaniu UE i rozstrzygnięcie, czy środek ten zakłóca lub może zakłócać konkurencję. Zdaniem NSA przyjęcie stanowiska o objęciu całej działki ewidencyjnej zwolnieniem może zakłócać sytuację prawnopodatkową podatników i wspomnianą konkurencję w rozumieniu tego przepisu.
Sąd wskazał na przypadki, gdy na kilkunastohektarowej działce tylko znikomy procent wykorzystywany jest na lokalizację elementów infrastruktury kolejowej, jak np. w rozpatrywanej sprawie, gdzie tylko przebiegał kabel zasilający, a inne elementy tej infrastruktury były zlokalizowane na kolejnych działkach.
Uchwała ma duże znaczenie, jednak problem nadal pozostaje w kwestii chociażby tego, jak liczyć powierzchnię zajętą pod infrastrukturę.
W uzasadnieniu ustnym NSA wyjaśnił, że każdy przypadek należy analizować odrębnie. Jeżeli na działce znajdują się również inne zabudowania, to jest to sytuacja, która powinna prowadzić do ustalenia części działki służących innym celom.
Uchwała NSA może oznaczać zmianę na niekorzyść podatników. Dotychczas sądy administracyjne w większości orzeczeń stawały po stronie podatników, przyjmując, że zwolnieniem objęte są całe działki ewidencyjne, na których zlokalizowana jest infrastruktura kolejowa. Taka wykładnia odpowiadała literalnemu brzmieniu przepisów.
Uchwała odnosi się do stanu prawnego obowiązującego w latach 2017–2021, zatem może mieć wpływ na wynik spraw dotyczących nieprzedawnionych zobowiązań podatkowych z tego okresu, w tym licznych spraw w toku.
Interpretacja ogólna ministra finansów
Warto dodać, że w zakresie podatku od nieruchomości 1 grudnia 2025 r. w Dzienniku Urzędowym Ministra Finansów i Gospodarki (poz. 40) opublikowano interpretację ogólną (nr DPL2.8401.3.2025) z 27 listopada 2025 r. w sprawie definicji pojęcia „grunty, budynki i budowle związane z prowadzeniem działalności gospodarczej”, zawartego w art. 1a ust. 1 pkt 3 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych.
Minister finansów uznał, że wyjaśnienie tego pojęcia jest konieczne do prawidłowego zaliczenia gruntów, budynków i budowli do kategorii przedmiotów opodatkowanych najwyższymi stawkami podatku od nieruchomości, a w przypadku budowli – przesądzenia o ich opodatkowaniu tym podatkiem.
Minister podkreślił, że nie można poprzestać na ustaleniu faktu posiadania nieruchomości przez przedsiębiorcę lub inny podmiot prowadzący działalność gospodarczą, ale konieczna jest analiza dodatkowych okoliczności, z których jedne odnoszą się do podatnika, pozostałe zaś dotyczą majątku, a w szczególności sposobu jego wykorzystywania. W interpretacji ogólnej minister finansów wskazał na trzy grupy przypadków, w których dochodzi do opodatkowania gruntów i budynków (ich części) najwyższymi stawkami podatku od nieruchomości lub do opodatkowania budowli. W każdym przypadku grunty, budynki i budowle są związane z działalnością gospodarczą, jeżeli są w posiadaniu przedsiębiorcy lub innego podmiotu wykonującego działalność gospodarczą, stanowiąc jednocześnie składnik prowadzonego przez niego przedsiębiorstwa w rozumieniu art. 55(1) ustawy – Kodeks cywilny, niezależnie od tego, czy są aktywnie wykorzystywane na prowadzenie działalności gospodarczej. Przypadki te zostały również opisane. Warto więc zajrzeć do tej interpretacji, której tu ze względu na zakres opracowania nie sposób omówić.
Umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania
Z orzecznictwa NSA na uwagę zasługuje jeszcze wyrok, w którym NSA stwierdził, że ani fakt powstania obowiązku podatkowego w drugim umawiającym się państwie, będącym stroną umowy, ani kwestia faktycznej zapłaty podatku przez polskiego podatnika w tym państwie nie warunkują możliwości zastosowania umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania. NSA skierował jednocześnie kolejne postanowienie sygnalizacyjne do ministra finansów (II FSK 785/22).
15 grudnia ub. r. NSA w siedmioosobowym składzie pochylił się po raz kolejny nad sprawą opodatkowania marynarzy i możliwości skorzystania przez nich z ulgi abolicyjnej. Sprawą tą sąd zajmował się w październiku ub. r. i nie podjął wówczas uchwały, ale uznał, że ma ona doniosłe znaczenie i przekazał ją do rozpoznania w siedmioosobowym składzie. Wiele spraw dotyczących marynarzy czeka na rozpoznanie i zostało zawieszonych do czasu tego rozstrzygnięcia. Orzeczenie może mieć przełożenie na rozumienie pewnych kwestii dotyczących wszystkich umów o unikaniu podwójnego opodatkowania, nie tylko tej z Norwegią. NSA stwierdził, że ani faktyczne powstanie obowiązku podatkowego, ani fakt, czy podatek był płacony, nie ma znaczenia dla możliwości zastosowania umów o unikaniu podwójnego opodatkowania.
