1 października weszły w życie korzystne dla podatników zmiany w ustawie o Krajowej Administracji Skarbowej oraz ustawie o podatku od towarów i usług. Podatnicy będą mogli złożyć deklarację lub korektę deklaracji, jeśli zgodzą się tylko w części z ustaleniami kontroli. Sankcyjna 15-proc. stawka VAT będzie mogła być zastosowana również w przypadku złożenia deklaracji w terminie 14 dni
od doręczenia upoważnienia do kontroli, a nie jedynie w przypadku korekt deklaracji. Krócej mogą trwać postępowania podatkowe.
Wchodzące w życie zmiany w ustawie o Krajowej Administracji Skarbowej i ustawie o VAT[1] mają ułatwić podatnikom wywiązywanie się z obowiązków podatkowych po wszczęciu lub po zakończonej kontroli celno-skarbowej.
Na czym polegają zmiany?
Obowiązujące do 30 września 2025 r. przepisy uprawniają kontrolowanego do złożenia korekty deklaracji w terminie
14 dni od doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli. Po zmianach podatnik zyska również możliwość złożenia zaległej deklaracji, jeżeli wcześniej jej nie złożył, nowelizacja dopuszcza bowiem możliwość złożenia deklaracji pierwotnej, jeżeli wcześniej nie była ona złożona. Możliwość taką będzie miał podatnik zarówno po wszczęciu kontroli, jak i po jej zakończeniu. Jest to doprecyzowanie przepisów w tym zakresie kończących spory podatników z organami podatkowymi. Dotychczas część organów twierdziła, że po wszczęciu kontroli celno-skarbowej możliwe jest jedynie skorygowanie deklaracji już wcześniej złożonej, odmawiano natomiast prawa do złożenia deklaracji pierwotnej.
Zgodnie z art. 62 ust. 4 ustawy o KAS w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 października 2025 r. kontrolowanemu przysługuje uprawnienie do złożenia deklaracji lub korekty deklaracji w zakresie objętym tą kontrolą w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej. Deklaracja i korekta deklaracji złożone po upływie tego terminu, lecz przed zakończeniem kontroli celno-skarbowej nie wywołują skutków prawnych.
Naczelnik urzędu skarbowego właściwy dla kontrolowanego niezwłocznie informuje naczelnika urzędu celno-skarbowego prowadzącego kontrolę celno-skarbową o złożonej deklaracji lub korekcie deklaracji (art. 62 ust. 4a ustawy o KAS).
W przypadku gdy naczelnik urzędu celno-skarbowego uwzględnił złożoną przez kontrolowanego deklarację lub korektę deklaracji, kontrolowanemu doręcza się zawiadomienie o uwzględnieniu deklaracji lub korekty deklaracji. Zawiadomienie o uwzględnieniu deklaracji lub korekty deklaracji przesyła się do właściwego dla kontrolowanego naczelnika urzędu skarbowego (art. 62 ust. 4ab ustawy o KAS).
Doręczenie kontrolowanemu zawiadomienia o uwzględnieniu deklaracji lub korekty deklaracji kończy kontrolę celno-skarbową.
Nowelizacja umożliwia również złożenie zaległej deklaracji po zakończeniu kontroli, w terminie 14 dni od doręczenia wyniku kontroli, w sytuacji gdy podatnik wcześniej nie rozliczył podatku.
Nowością jest to, że podatnik będzie mógł złożyć korektę deklaracji uwzględniającą tylko część nieprawidłowości stwierdzonych przez organ. Naczelnik urzędu celno-skarbowego uwzględni wówczas tę korektę w zakresie, w jakim zgadza się z nią kontrolowany. Wówczas kontrola może skutkować przekształceniem się w postępowanie podatkowe, które obejmie tylko tę część, z którą podatnik się nie zgodził. Dotychczas, jeśli podatnik zgadzał się tylko częściowo z wynikami kontroli celno-skarbowej, nie miał możliwości skutecznego złożenia korekty deklaracji podatkowej. Jest to istotna i korzystna zmiana. Podstawą prawną takiego rozwiązania jest art. 82 ust. 2 pkt 6, ust. 3 oraz art. 83 ust. 1 pkt 2a, ust. 3a ustawy o KAS. Dotychczas takiej możliwości nie było, a po doręczonym wyniku kontroli podatnik mógł jedynie zaakceptować wszystkie ustalenia kontroli celno-skarbowej i skorygować całość rozliczeń albo zrezygnować z korekty, co skutkowało przekształceniem kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe. Wprowadzenie takiego rozwiązania dającego prawo do złożenia deklaracji lub korekty deklaracji w zakresie części nieprawidłowości może skutkować tym, że zakres objęty postępowaniem podatkowym może być mniejszy, a co za tym idzie postępowanie to będzie mogło być przeprowadzone szybciej, co jest oczywiście korzystne dla podatnika.
Zgodnie ze znowelizowanym art. 82 ust. 3 ustawy o KAS w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 października 2025 r. w terminie 14 dni od dnia doręczenia wyniku kontroli kontrolowany może złożyć deklarację lub korektę deklaracji, jeżeli zgadza się w całości albo w części z nieprawidłowościami stwierdzonymi w wyniku kontroli. Deklaracja i korekta deklaracji złożone po upływie tego terminu, lecz przed doręczeniem postanowienia, o którym mowa w art. 83 ust. 3, nie wywołują skutków prawnych.
Uprawnienie do korekty deklaracji przysługuje nadal po zakończeniu kontroli celno-skarbowej, jeżeli w wyniku tej kontroli nie stwierdzono nieprawidłowości albo organ uwzględnił złożoną deklarację lub korektę deklaracji, o których mowa w ust. 3 (art. 82 ust. 4 ustawy o KAS).
Zgodnie z art. 83 ust. 1 ustawy o KAS w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 października 2025 r. w przypadku stwierdzenia nieprawidłowości w zakresie, o którym mowa w art. 54 ust. 1 pkt 1, zakończona kontrola celno-skarbowa przekształca się w postępowanie podatkowe, jeżeli:
1) kontrolowany nie złożył deklaracji lub korekty deklaracji, o których mowa w art. 82 ust. 3, albo
2) organ nie uwzględnił złożonej deklaracji lub korekty deklaracji, o których mowa w art. 82 ust. 3, albo
2a) kontrolowany złożył deklarację lub korektę deklaracji, o których mowa w art. 82 ust. 3, w których zgodził się w części z nieprawidłowościami stwierdzonymi w wyniku kontroli, i organ uwzględnił tę deklarację lub korektę deklaracji, albo
3) organ uwzględnił złożoną deklarację lub korektę deklaracji, o których mowa w art. 82 ust. 3, i istnieją przesłanki do ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług lub do określenia kwoty podatku do zapłaty na podstawie art. 108 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług.
Zmiany przepisów w trakcie trwających kontroli
Ustawa nowelizująca reguluje sytuację podatników, których zmiana przepisów zastała w procesie kontrolnym. I tak, jeśli przed 1 października 2025 r. podatnik otrzymał upoważnienie do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej, ale nie upłynął jeszcze termin na złożenie korekty deklaracji podatkowej (w zakresie objętym kontrolą), to stosowane będą dotychczasowe przepisy. Podobnie w przypadku, jeśli wynik kontroli został doręczony przed wejściem nowych przepisów. Zgodnie z art. 3 ust. 2 ustawy nowelizującej do kontroli celno-skarbowych, w których przed dniem wejścia w życie ustawy doręczono wynik kontroli, stosuje się stare przepisy, czyli art. 82 ust. 2 pkt 6 ustawy o KAS w brzmieniu przed nowelizacją.
W sytuacji, jeśli podatnik otrzymał już wynik kontroli przed wejściem w życie ustawy, ale termin na złożenie korekty deklaracji jeszcze nie upłynął, wówczas nadal obowiązywać będą stare przepisy sprzed nowelizacji, obowiązujące w dacie doręczenia wyniku kontroli.
Dodatkowe zobowiązanie podatkowe w VAT w niższej wysokości
Artykuł 2 ustawy nowelizującej doprecyzowuje również przepisy dotyczące obniżonej stawki sankcyjnej VAT. Zmienia on art. 112b ust. 2a ustawy o VAT, który od 1 października 2025 r.
brzmiał będzie następująco: jeżeli w przypadku, o którym mowa w ust. 1, podatnik złożył deklarację lub korektę deklaracji zgodnie z art. 62 ust. 4 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r.
o Krajowej Administracji Skarbowej i najpóźniej w dniu złożenia tej deklaracji lub tej korekty deklaracji wpłacił kwotę zobowiązania podatkowego lub zwrócił nienależną kwotę zwrotu, naczelnik urzędu celno-skarbowego ustala dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości do 15% kwoty zaniżenia zobowiązania podatkowego, kwoty zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe.
Sankcja ta będzie mogła wynieść maksymalnie 15%, a nie tak jak dotychczas 20%. Stawka 15% będzie mogła być zastosowana również w przypadku złożenia deklaracji w terminie 14 dni od doręczenia upoważnienia do kontroli, co obecnie jest możliwe jedynie w przypadku korekt deklaracji.
Podsumowując, należy pozytywnie ocenić wskazane zmiany. Przynoszą one bowiem korzyści dla podatników w postaci możliwości złożenia częściowej korekty deklaracji, możliwości złożenia deklaracji po rozpoczęciu lub zakończeniu kontroli, możliwości szerszego zastosowania niższej, maksymalnie 15% stawki sankcyjnej VAT oraz możliwości krótszych sporów z fiskusem z uwagi na mniejsze zakresy objęte postępowaniem w przypadku częściowej zgody podatnika z wynikami kontroli.
[1] Ustawa z dnia 24 czerwca 2025 r. o zmianie ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej oraz ustawy o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2025 r.
poz. 894).
